LA VERA DI POZZO
La posizione della vera di pozzo, attualmente inserita tra i gradini della scala davanti all'altar maggiore (fig.1), potrebbe corrispondere a quella della sorgente taumaturgica dell'antico tempio di Esculapio, rappresentandone il legame ideale. L'ipotesi più accreditata ne fa risalire l'origine alla fondazione della chiesa ottoniana.
Ricavata dal rocchio di un'antica colonna (ne è riconoscibile la base), porta scolpite quattro figure inserite in piccole edicole (fig.2÷5); a partire da quella rivolta verso l'ingresso della chiesa e procedendo in senso antiorario troviamo: Cristo con il libro aperto, un santo (probabilmente Sant'Adalberto) in abiti vescovili con il pastorale ed il libro chiuso, l'imperatore Ottone III recante un disco con il modello dell'antica chiesa e San Bartolomeo con il libro aperto e il coltello del suo martirio.

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2 - Il lato frontale della vera con la figura di Cristo recante il libro aperto e le lettere OS e PV sullo sfondo 3 - Sul lato destro (sud-ovest) della vera è raffigurato Sant'Adalberto, o secondo alcuni S.Paolino, in abiti vescovili con il pastorale ed il libro chiuso. Sullo fondo le lettere TE I SCI 4 - Sul lato posteriore, rivolto verso l'altare, è l'immagine dell'imperatore Ottone III (v. sezione Personaggi) che reca nella mano un disco con incisa l'immagine della chiesa primitiva. Sullo sfondo le scritte CIR CVDANT 5 - Il lato sinistro (nord-est) raffigurante San Bartolomeo che regge il libro aperto e, nella destra, il coltello simbolo del suo martirio (v. sezione Personaggi). Sullo sfondo le lettere ORBE ROTAN TI

Partendo dalla figura del Cristo, e procedendo sempre in senso antiorario, si riconosce la seguente scritta, inserita in modo irregolare sullo sfondo delle quattro figure:
OS PU-TEI S[AN]C[T]I - CIR CU[N]DANT - ORBE ROTAN TI
[I santi in cerchio circondano la bocca del pozzo]

Nella parte superiore della vera sono visibili (fig.6) i segni lasciati dalle corde usate per attingere l'acqua dal pozzo e che ne hanno reso illeggibile la scritta.

LA PALLA DI CANNONE
Nel 1849, durante l'assedio dell'esercito francese alla Repubblica Romana da poco costituitasi (9 febbraio), che portò alla resa dei repubblicani il 4 luglio dello stesso anno, una palla di cannone scagliata dalla Via Aurelia entrò nella chiesa attraverso il muro cadendo, miracolosamente senza provocare danni, sull'altare della cappella della Vergine (quella alla destra dell'altare maggiore).
La palla è stata murata nella parete sinistra della cappella stessa sopra una lapide che ricorda l'avvenimento: il testo è riportato qui di seguito con la traduzione a lato.

LA CAPPELLA DEI MOLINARI
Nel locale alla sinistra dell'altare maggiore, inizialmente adibito a sacrestia e successivamente trasformato in cappella da Giulio III a metà del XVI secolo, i mugnai romani stabilirono fino al 1846 la sede religiosa della loro corporazione "Romana Molendinariorum", sotto la protezione di S.Paolino, decorandola con scene della loro attività (fig. 7÷10). Il restauro del sacello contenente le reliquie dei santi custodite nella cappella è ricordato dall'iscrizione sul portale di ingresso alla basilica. A terra sono presenti tracce di un antico pavimento cosmatesco.
La lapide murata nella parete sinistra (fig. 11) riporta, sopra la raffigurazione di un molino, la scritta seguente, relativa ad un restauro del 1626: